اهداف بنیاد مطابق با اساسنامه: 

  1. بازشناسی، تبیین، ترویج، توسعه و نهادینه نمودن طب سنتی ایران (بند 12 سیاست های کلی سلامت مقام معظم رهبری)
  2. تبادل تجربیات با سایر کشورها در زمینه طب سنتی (بند 3-12 سیاست های کلی سلامت مقام معظم رهبری)
  3. برقراری تعامل و تبادل منطقی میان طب سنتی و طب نوین برای هم افزایی تجربیات و روش های درمانی (بند 5-12 سیاست های کلی سلامت مقام معظم رهبری)
  4. اصلاح سبک زندگی در عرصه تغذیه (بند 6-12 سیاست های کلی سلامت مقام معظم رهبری)
  5. ترویج اصلاح سبک زندگی آحاد مردم بر اساس تدابیر طب سنتی (آب و هوا، خوردن و آشامیدن، خواب و بیداری، حرکت و سکون، استفراغ و احتباس و اعراض نفسانی) وکمک به ارتقای سطح سلامت جامعه